整個MES系統涉及分為生產控制系統系統數據采集、生產管理兩大部分和生產計劃管理、生產過程跟蹤和產品追溯、質量管理、設備管理、人力資源管理五大模塊。在對昆明卷煙廠生產特點和管理業務流程進行充分分析的基礎上，MES系統的各個模塊不僅滿足用戶的需求，同時體現出更多的特色。
數據采集
生產過程數據的采集是MES系統和廠級生產管理信息化系統（ERP/MIS）的信息來源和基礎，在本項目中，實現了對煙草生產過程中的制絲、風送、卷包、裝箱等完整地生產流程進行生產過程和工藝數據的采集，對于無法從控制系統中直接獲得的設備維修、質量抽檢采樣等信息，則通過人工錄入方式，保證MES系統可以獲得完整的生產管理信息。
生產計劃管理
生產計劃管理包括如下功能：
工作日歷制定：通過制定工作時間、輪班計劃、班次時間等信息作為系統中的通用時間標準，數據采集、生產記錄、設備維修、質量檢測都將以此工作日歷為依據；
生產計劃制定和下達：接收并分解從廠級生產管理信息系統中下達的生產作業指導書，制定詳細的制絲和卷包生產計劃，并生成產品生產的統一批次編號。生產計劃將直接下達到生產現場的工作站，指導實際生產流程；
原輔料領料申請：根據詳細生產計劃，系統自動生成原輔料領料申請，并與廠級原輔料供應部門聯網，實現領料計劃的快速傳遞，提高生產效率；
生產計劃跟蹤：實時的跟蹤生產計劃的進行情況，便于生產管理部門及時調整生產；
產量統計查詢和分析：提供多種表格和圖形化的方式對制絲線和卷包線的產量進行查詢統計和分析。
生產計劃管理模塊還和國家局1號工程——煙箱條碼打印系統的信息交換，能夠更加準確和完整的反映生產計劃的執行情況。
生產流程跟蹤和產品追溯
MES系統的主要功能之一就是實現對生成過程的跟蹤，但是僅僅對制絲和卷包生產線進行簡單的孤立的生產跟蹤或者僅僅獲得產量、品牌、批次等生產管理信息是不能全面體現出MES系統的特色和生產管理功能的，同時，如果對于這些生產過程跟蹤信息不能進行進一步的利用和分析也將令MES系統失色不少。因此在本系統中不僅在生產流程跟蹤的信息完整性和連貫性等方面進行了更深層次的挖掘，同時實現了產品信息追溯功能：
生產流程跟蹤：從生產計劃中生產批次號生成開始，系統就開始跟蹤每個生產批次的完整的生產過程，直到產品入庫。也就是說，系統對于每批產品在那個制絲工序生產過、生產了多長時間、用了那些原料和香糖料配方、在那個儲柜儲存的，存儲了多長時間、設備狀態如何、工藝質量檢測結果如何、是那個操作員操作的，在卷包車間那些機臺進行的卷接和包裝，設備發生了哪些故障、使用了何種輔料、廢品有多少、是那些操作人員操作的、何時生產結束何時入庫等等有關產品生產、原輔料、質量、設備各個方面的信息都進行了連貫的、全面的跟蹤和記錄，保證了系統龐大的數據庫中存儲的生產過程信息能夠有一個清晰和合理的結構，更加便于統計和查詢；
產品追溯：基于生產流程跟蹤獲得的產品生產過程跟蹤信息，可以靈活和完整的實現產品追溯功能，也就是說，用戶可以查詢過去任何一天生產了那些品牌、那些批次，其中任何一個批次生產過程中所包含的生產時間、產量、工藝線路信息，設備故障、停機、維修信息，質量檢測、工藝參數信息，原輔料配方和消耗信息等等數據。產品追溯對于用戶及時發現質量問題，改善生產流程，加強生產過程管理力度具有重要意義。
設備管理
設備管理包括如下功能：
設備資料管理：系統中對于設備各項資料都能夠進行全面的管理和查詢，其中既包括了設備固定資產臺帳、合同、使用手冊等資料，也包括了電氣和機械圖紙、程序清單、操作說明、維修視頻等資料。另外在分布于現場的各個工作站上，相關設備維修和管理人員能夠方便的對這些資料進行檢索和查詢；
設備基本信息管理：系統對于設備總成、關鍵件、故障列表信息都進行了分門別類的存儲，為設備的維修和備件管理打下了堅實的基礎；
